轨道交通学院是南京交通职业技术学院重点建设骨干院系。2004年2月南京交通职业技术学院院系调整，以原汽车机电工程系的部分教研室为基础，组建机电工程系；2013年3月易系设院，成立机电工程学院；2017年6月更名为轨道交通学院。

轨道交通学院现设有城市轨道交通机电技术、城市轨道车辆应用技术、城市轨道交通通信信号技术、智能工程机械运用技术、机电一体化技术、工业机器人技术等6个专业；其中，城市轨道交通类专业群是江苏省高水平专业群，智能工程机械运用技术专业为全国交通运输骨干专业、教育部专业服务产业能力提升项目建设点、江苏省特色专业和高水平骨干专业，机电一体化技术专业为学院重点专业。

目前，学院全日制在校生2000余人，教职工62人，其中专任教师（含实验教师）49人，教辅和学工人员13人；博士9人，硕士48人；教授及教授级工程师3人，副教授及高级工程师21人，中级职称26人；省“青蓝工程”优秀教学团队2个；“青蓝工程”学术带头人2人，“青蓝工程”青年骨干教师3人；省交通系统教学名师2人；江苏省技术能手6人；国家职业技能鉴定考评员14人，其中高级考评员5人。同时，学院聘请“中国机械工业科技专家”、获得国务院政府特殊津贴的轨道交通著名专家担任产业教授，聘请知名企事业单位的管理和技术骨干担任兼职教师，逐步形成了一支尚德善教、勤奋团结的双师素质教学团队。

轨道交通学院建有省财政支持的轨道交通综合实训基地，仪器设备总价值近7000万元，企业捐赠设备总额近1200万元，包含城轨（机电、车辆、驾驶、通信信号）、智能制造工业机器人、新能源智能工程机械等功能型实训中心以及45个专项实训（验）室。实训基地被列为江苏省中小学职业体验中心。学院于2019年被确定为交通运输部首批“轨道列车司机”技能鉴定站，为省内地铁公司开展地铁司机鉴定工作，自建站以来，为全省共鉴定15批次、约8000人次。同时，实训基地常年开展CAD制图、低压电工、维修电工、数控机床操作、钳工、筑路机械操作等工种的技能鉴定。

轨道交通学院不断深化教育教学改革，积极推行产教融合、校企合作、工学结合和现代学徒制的人才培养模式。学院牵头成立全国智能交通装备产教融合共同体；对接企业岗位需求，实施订单培养，与南京地铁、苏州地铁等运营公司开展司机订单班、车辆检修订单班、通信信号订单班；建立校级华铁智能交通装备产业学院，与浙江华铁应急设备科技股份有限公司、上海宏信设备工程有限公司、众能联合数字技术有限公司合作开展校企协同育人；与舍弗勒(南京)公司合作，开办双元制现代学徒制培养。在加强教科研交流与共同开展社会服务的同时，也为学生的专业实训、顶岗实习以及就业创业提供了强有力的职业技能训练保障。

轨道交通学院注重培养学生的专业技能和综合素质。近年来，学生荣获全国大学生自动化控制设计大赛智能团队最高奖、全国首届高职高专大学生基础力学邀请赛一等奖、全国高职院大学生创新创业作品展优秀作品奖、华东区大学生CAD应用技能竞赛一等奖、第十一届全国交通运输行业“捷安杯”城市轨道交通服务员（学生组）车辆控制赛项职业技能大赛全国总决赛二等奖、全国职业院校工程机械技能大赛二等奖、江苏省大学生创新创意创业优秀成果“最具潜力创意奖”、省高校本专科毕业设计优秀团队奖等；另外，在历届省大学生力学竞赛、理工科大学生人文社科知识竞赛等省级大赛中均创佳绩。

学院注重学生学历提升，与南京理工大学合作“机械工程”专业本科自考助学；与苏州大学合作“交通运输”专业本科自考自学项目，学生本科学历、学位获取率达90%以上。近年来，20%毕业生升入本科深造，70%毕业生进入知名企业工作，就业率保持在99%以上；毕业生“下得去、用得上、留得住、干得好、发展快”，得到了社会和用人单位的广泛认可和一致好评。